Hệ thống xếp hạng của Hyakusenkan Karate rất đặc biệt và khác biệt so với nhiều phong cách Karate khác. Nó gồm có 5 cấp đai màu (kyū) và 10 cấp đai đen (dan). Thông thường, người tập chỉ đạt được đai đen bậc 1 (Shodan). Để đạt được các bậc đai đen từ 2 đến 5, bạn cần chứng tỏ sự nỗ lực không ngừng qua luyện tập, thi đấu, giảng dạy và nghiên cứu. Các cấp đai từ bậc 6 trở lên được trao dựa trên một kỳ thi chuyên biệt.
Một điểm độc đáo của Hyakusenkan là không có yêu cầu thời gian cố định để đạt các cấp đai màu. Học viên sẽ được thi xếp hạng khi Sensei cho rằng họ đã đủ năng lực vượt qua cấp hiện tại.
Ngoài ra, hệ thống còn có đai xám với 5 vạch, dành cho những người có kỹ năng nhất định trong các môn võ khác hoặc phong cách Karate khác nhưng chưa đạt tiêu chuẩn của Hyakusenkan. Đai xám giúp họ có cơ hội trở thành trợ giảng và là bước đệm để tiến lên các cấp bậc cao hơn.
Cuối cùng, ở đai đen bậc 5 và 6, người tập được gọi là Renshi; ở đai đen bậc 7 và 8, họ được vinh danh với danh hiệu Kyōshi; còn ở đai đen bậc 9, danh hiệu Hanshi được trao, thể hiện sự xuất sắc và kinh nghiệm cao trong võ thuật.